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Im Schatten der Modernität. Franz Overbecks Weg zur "Christlichkeit unserer heutigen Theologie", Metzler Verlag, Stuttgart 1992 (überarbeitete Fassung der Dissertation).
Kommentierte Edition: Franz Overbeck, Werke und Nachlass, Band 1, Schriften bis 1873, hg. von E. Stegemann und N. Peter, Metzler Verlag, Stuttgart 1994.
Karl Barth als Leser und Interpret Nietzsches, in: Zeitschrift für Neuere Theologiegeschichte, 1, 1994, 251-264 (erschien gleichzeitig in gekürzter Form in: D. M. Hoffmann (Hg.) Nietzsche und die Schweiz, Offizin: Zürich 1994).
Kommentierte Edition: Edgar Salin, Laudatio auf Karl Barth, in: Zeitschrift für Neuere Theologiegeschichte, 1, 1994, 305-312.
Kommentierte Edition: Franz Overbecks Briefwechsel mit Paul de Lagarde, hg. von N. Peter und A. U. Sommer, in: Zeitschrift für Neuere Theologiegeschichte, 2, 1996, 127-171.
Kommentierte Edition: Franz Overbeck — Heinrich Köselitz (Peter Gast). Briefwechsel, hg. , eingeleitet u. kommentiert von D. M. Hoffmann und N. Peter, Textkonstitution Th. Salfinger, Supplementa Nietzscheana, Bd. 3, de Gruyter, Berlin 1998.
Ernst Troeltsch auf der Suche nach Franz Overbeck. Das Problem des Historismus in der Perspektive zweier Theologen, in: Troeltsch-Studien, Band 11, hg. von F. W. Graf, Gütersloher Verlagshaus, Gütersloh 2000, 94-122.
Die Jakobsgeschichte. Fraumünster-Predigten, Edition Kämbel, Zürich 2008, 2009 2. A. (Japan. Übersetzung von Shuhei Oishi, Ichibaku Shuppansha Publishing Co, Sapporo 2014).
„Eine dogmatisch nicht verhärtende Überzeugungs- und Gewissensreligion“ – Ernst Troeltschs Neuzeitdeutung und ihre Perspektiven für protestantische Kirchen- und Kulturarbeit, in: G. Pfleiderer/A. Heit (Hg.), Protestantisches Ethos und moderne Kultur. Zur Aktualität von Ernst Troeltschs Protestantismusschrift, TVZ, Zürich 2008.
Kommentierte Edition: Franz Overbeck, Werke und Nachlass, Band 8, Briefe, hg. von N. Peter und F. Bestebreurtje, Metzler Verlag, Stuttgart 2008.
Ein neuer Himmel und eine neue Erde. Texte zu christlichen Festtagen, theologischen Gestalten und Themen, Edition Kämbel, Zürich 2008, 2009 2. A.
„Es ist Zeit, dass wir Heublumen hineinsäen!“ Johann Peter Hebels theologische Poetik und Geschichtenkunst, in: Schattenfuge – Johann Peter Hebel zum Gedächtnis, B. von Savigny (Hg.), designconcepts Verlag 2010, 22-36.
Den Glauben buchstabieren. Fraumünster-Predigten zum Bekenntnis, Edition Kämbel, Zürich 2010, 10.
Nikolaus-Predigten im Fraumünster. Antike und biblische Texte im Dialog, von Klaus Bartels und Niklaus Peter, mit Zeichnungen von Sebastian Büsching, TVZ, Zürich 2017.
Schachfigur oder – Schachspieler. Denkmodelle und Spielzüge auf den Feldern des Lebens und der Religion, Radius Verlag, Stuttgart 2018.
Maulwürfe und Sündenböcke. Aufbrüche aus der Welt des Alltäglichen, Radius Verlag, Stuttgart 2020.
Von Angesicht zu Angesicht. Predigten und kleine theologische Texte, TVZ, Zürich 2021.
Himmelsleiter und Prophetenmantel. Kleine Denkstücke in Religion und Literatur, Radius Verlag, Zürich 2022.
Karl Barths «Wort Gottes»-Theologie in der pastoralen Praxis, in: Pfleiderer/Tietz/Wüthrich (Hg.), Zentrierte Theologie. Karl Barths Beitrag zur Verständigung der theologischen Disziplinen, V&R, Göttingen 2023, 185-198.
Ein Hemdlein fürs nackte Evangelium. Gedanken zu biblischen Worten, Radius Verlag, Stuttgart 2024.